益生菌的功能中，最受醫學認可的是在腸道中具有可抑制壞菌的作用，以提升人體健康，一般稱為「好菌」。 
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市面上有很多益生菌產品，每一種都宣稱含有各種不同的益生菌，對人體很有助益，而益生菌是什麼菌？對身體真的有好處嗎？榮新診所副院長何一成指出，益生菌是一個通用的名詞，只要是一些微生物、對人體有益的菌種，都可以稱之為益生菌。
不過菌種要經由攝取進入人體，到達其他部位要對人體有益並不容易，因此，目前益生菌主要指的是在腸胃道及其附近（包括陰道或肛門等部位），對人體健康有益的好菌。
何一成指出，目前比較有名、也比較常聽到的益生菌，是乳桿菌（即是一般所說的L菌）其中最有名的就是嗜酸性乳桿菌（即一般所說的A菌）、副乳酪乳桿菌（一般稱為LP菌）等；另一種也非常有名的，是比菲德氏菌（即一般所說的B菌），例如雷特氏B菌、龍根氏B菌等種類都是。
其他菌屬或是菌種中，還有很多對人體有益的益生菌，一些比較好的產品，都會標示其中所含的益生菌種類，有些產品還會同時含有很多種益生菌，選擇時不妨仔細看標示。
益生菌的3大功能
1.抑制壞菌功能：何一成說，益生菌的功能中，最受醫學認可的是在腸道中具有可抑制壞菌的作用，以提升人體健康，一般稱為「好菌」。對人體無害的好菌在腸道中的繁殖，會降低壞菌的生存空間，減少壞菌所產生的有毒物質如氨氣等，因此，可增進腸道健康、避免腸道發炎及逐漸產生微小破損。
2.調整腸胃道免疫功能：益生菌對腸胃道局部免疫功能也有幫助，可減少病原的侵害，改善腸胃道之外的一些過敏問題。而過敏是因為血液中免疫的影響失調所造成，好菌抑制了腸胃道中的壞菌，減少腸胃道發炎破損問題，也避免食物中的大分子因此進入血液，降低過敏反應；好菌使腸胃黏膜的免疫機轉往好的方向發展，免疫因子的傳播，對皮膚癢、鼻子過敏等過敏問題的改善會有幫助。
3.消化乳糖功能：益生菌會消化乳糖及某些種類的纖維質。何一成表示，一些乳糖不耐症患者喝牛奶容易有脹氣、腸胃不舒服等症狀，益生菌可先把乳糖或寡糖分解成小分子，等於把人體難以消化的物質先進一步消化；所以乳糖不耐症的患者喝優酪乳等奶製品比較不會發生腸胃不適等症狀，因為其中所含的益生菌已先降低了奶類本身的乳糖含量，益生菌在腸胃道中生存，又可降低喝其他奶製品時因乳糖產生的不適。
益生菌可降低胃幽門螺旋桿菌
益生菌很容易受到環境的影響而破壞，在人體中是否能存活？何一成表示，一般認為，乳桿菌比較可以在小腸中生存繁殖，而比菲德氏菌比較能在大腸中生存繁殖，但前提是都必須先通過胃酸的考驗。
最近的醫學研究發現，胃中仍有少量的益生菌存活，表示部分益生菌仍可通過胃酸的考驗，進入大腸或小腸中繼續生存繁殖，因此醫學上認為，益生菌的功能主要在腸道，而在胃中則也扮演了少量的角色。
胃幽門螺旋桿菌容易破壞胃黏膜表層，造成胃發炎等疾病，因此，益生菌對胃幽門螺旋桿菌的影響，也受到關注，何一成表示，有體外試驗等研究發現，某些益生菌可在培養皿中抑制胃幽門螺旋桿菌的生長。
後來也有人體試驗發現，雷特氏B菌、乳桿菌等益生菌，有抑制胃幽門螺旋桿菌的作用。其可能的機轉是，益生菌在腸道中釋放免疫調控物質，經血液到胃部，而抑制了胃幽門螺旋桿菌的生長；另外有研究認為仍有少量的益生菌在胃中存活，或許也扮演了一些輔助抑制胃幽門螺旋桿菌生長的角色。
何時吃益生菌最適合？
何一成指出，從胃酸的角度來看，最適合吃益生菌的時間，是在空腹的時候，因為此時胃酸分泌較少，益生菌比較不會被破壞；不過進食時胃酸雖然會大量分泌，但有食物的稀釋，胃中胃酸含量也不會很高，因此在飲食中吃益生菌也還可以。
另外，吃益生菌的時間也不能空腹超過4小時，因為在臨床上，約有一半以上的人並不習慣在空腹時吃酸酸的食物，容易產生腸胃不適等症狀；由此看來，最適合吃益生菌的時間，是在飯前1小時或飯後1小時，既沒有胃酸分泌太多的問題，也不會有空腹食用的不適。
你適合吃益生菌嗎？
誰最適合吃益生菌？其實一般大眾都還算適合，尤其是注重腸胃道保健的人，最為適合。何一成指出，有些人特別喜歡吃肉、高脂肪的食物等，造成腸胃道菌種不平衡，因此偏食的人、注重腸胃道保健的人等，都很適合吃益生菌。其次，容易有腸胃道不適、脹氣、拉肚子、便秘等腸胃道問題，就醫檢查卻沒有什麼疾病引起不適等的患者，吃益生菌改變腸胃道的健康，也很適合。
另外，有過敏、鼻塞、皮膚炎等過敏疾病的患者，在就醫檢查後醫藥的控制下，症狀已漸平緩但尚未痊癒的患者，吃益生菌可協助免疫的調控，有幫助改善的效果，因此也非常適合。
使用益生菌注意事項
益生菌對人體的好處多多，但使用時一不小心，還是會破壞原有的功能，而徒勞無功，甚至反而有害，因此使用時也要特別注意。
1.不可加熱：何一成表示，益生菌產品不可加熱，如果天氣冷不想喝冰飲，可先放在室溫下稍微退涼，即使要稍微溫熱一下，也不可超過40度，以免降低益生菌的活菌數。
2.冷藏保存：現在科技的進步，有些益生菌產品已可不需放置冰箱冷藏，但大多仍以冷藏保存會更好，要特別注意產品所標示的保存方法。
3.保存期限：時下很流行自製優酪乳或優格，何一成表示，自製優酪乳或優格要注意益生菌的來源是否可靠、正確的做法為何，製作後也必須迅速冷藏保存，尤其是自己製作成優酪乳或優格的保存期限，仍和原來的乳品保存期限相同，切勿以為製成優酪乳或優格產品後保存期限可拉長，它還是會腐壞的。
4.菌種耐熱度：另外，自製優酪乳或優格在加熱時，要嚴格注意菌種的耐熱度，否則不但可能殺死益生菌、減少益生菌的活菌數，還可能造成其他乳品成分開始發酵、腐壞；且即使乳品尚未過期，也可能因不當加熱而迅速降低其保存期限，因此一定要特別注意。
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